前にもお話したように、シーボルトの集めた品々をつんだ船が、長崎の港（みなと）の先でそうなんし、その船の中からは、日本全図だけでなく、ある人が将軍から送られた、“あおいのごもん”（：しょうぐん家のしるし）のついたきものなど、そのころ外国人にわたしてはいけないものが、たくさん見つかりました（1828年）。
　奉行所は、シーボルトと、この事件に関係（かんけい）した日本人を逮捕（たいほ）し、取り調べを始めました。長崎では、通訳（つうやく）の吉雄忠次郎（よしお　ちゅうじろう）、江戸では高橋景保（たかはし　かげやす）のほか、シーボルトや景保の門弟や長崎の役人など、たくさんの人たちが、つかまり、調べられました。
　
　きびしい取り調べで、高橋景保は牢（ろう）で死にました。それだけでなく、景保の長男小太郎25歳、次男の賢次郎19歳も島流しになりました。シーボルトも出島から出ることをゆるされずに、１４か月もの間、調べられましたが、のちに日本から追放（ついほう：おいはらうこと）になりました(1830年)。
　
　もちろん、シーボルトと親しくしていたことで調べられた30人ほどの役人や通訳なども処罰（しょばつ：ばつをうけること）されました。