長崎と江戸の間を旅したシーボルトは、植物採集（しょくぶつさいしゅう）だけでなく、日本の地理についても調べました。どこに港（みなと）があるか、何が名産（めいさん）か、どのくらいの人がすんでいるかなどです。
　もちろん、山の名前や高さ、町や港の名前や位置なども調べましたが、そのころの日本は、外国人がこのようなことを調べることを、禁止（きんし）していました。
　
　しかし、シーボルトが測量（そくりょう）をするのを、いちぶのお役人（やくにん）は、見ないふりをしていたようです。旅（たび）をしながら、各地の位置（いち）をクロノメータという器械（きかい）などで測（はか）り、気圧で山などの高さを測り、港（みなと）のようすなどもできるだけ調べました。また、各地の科学者（かがくしゃ）からは、書物（しょもつ：本）や各地の地図も手に入れました。
　富士山の高さも門弟（もんてい：生徒）の二宮敬作（にのみや　けいさく）に、頂上（ちょうじょう）にのぼらせて、高さ測ったといいます（3794m、1828年）。 しかし、日本にいるときに、自分の手で日本全体の地図を作ったことはなかったようです。