林蔵は、シーボルト事件のあとは、おもに勘定奉行（かんじょうぶぎょう）から命令された秘密の仕事をしていましたから、日本中を歩き回っていました。
　樺太（からふと）や蝦夷地（えぞち）の探検（たんけん）をしていたころには、上司（じょうし：うわやく）であった村上島之允やその養子（ようし）の村上貞助（むらかみ　さだすけ）などのきょうりょくにより、地図を作り、書物（しょもつ）も書きました。
　
　それは、おもにクナシリやエトロフ、樺太などの地図であり、樺太やシベリアのようすをしょうかいした書物でした。とくに、1810年ごろに作られた樺太の地図、「北蝦夷島図（きたえぞしまず）」と報告書（ほうこくしょ）、1822年ごろに作られた「蝦夷全図」はすばらしいものです。
　林蔵は秘密の仕事をしていましたから、作られた地図や報告書は幕府にていしゅつされ、死んだあとは、すべてやきすてるように、遺言（ゆいごん）していました。そのため、林蔵が作った地図や使用した物は、あとからうつし取った地図や少しの測量器具（そくりょうきぐ）などのほかは、あまりのこされていません。